Thời Gia Long, nội bộ Việt Nam không được ổn định. Trong 18 năm đã có khoảng 90 cuộc khởi nghĩa nổ ra trên cả nước.[5]

Các cuộc nổi dậy vẫn nổ ra ở khắp các khu vực Bắc Hà từ Nghệ An tới khu vực Tây Bắc với nhiều lý do khác nhau, trong đó đó danh nghĩa tôn phù nhà Lê trở thành một lý do nổi dậy phổ biến (ngoài ra còn có cả một số trường hợp xưng con cháu triều Lý và triều Mạc[349]).[350]

Lực lượng nổi dậy bao gồm các tộc người thiểu số ở vùng miền núi như người Hoa, người Nùng: trong đó một số vụ nổi tiếng và kéo dài nhiều năm như cuộc nổi dậy của Lý Văn Phúc (vùng Thái Nguyên); Dương Đình Cúc (vùng Thái Nguyên), Lê Đắc Lộc và Thân Vạn Đồng (vùng Bảo Lộc), Mã Sĩ Anh (vùng Hưng Hóa); các con cháu nhà Lê như Lê Duy Hoán;[337] các nhóm cướp phát triển lên như Cao Văn Dũng và Nguyễn Tình (vùng Sơn Tây và Hải Dương), Vũ Đình Khanh (vùng Sơn Nam Hạ), các tù trưởng người Mường như Quách Tất Thúc (khu vực Thanh Hóa)...[351]

Một nguyên nhân khiến nhiều cuộc nổi dậy xảy ra là do chính sách thuế khóa và lao dịch. Một giáo sĩ người Pháp tên Guérard nhận xét rằng Gia Long đánh thuế quá nặng lên dân chúng: "Vua Gia Long bóp nặn dân chúng bằng đủ mọi cách, sự bất công và lộng hành làm cho người ta rên xiết hơn cả ở thời Tây Sơn; thuế má và lao dịch thì tăng lên gấp ba".[4] Việc xây thành Phú Xuân và đào kênh Vĩnh Tế phải huy động hàng vạn dân phu đi lao dịch. Một người Pháp là Borel viết năm 1818 mô tả việc xây thành Phú Xuân (Huế):

“Nhà vua sử dụng tất cả nhân lực vào việc xây tòa thành và các công trình công cộng khác. Khi tôi đến Huế, đã có đến 8 vạn người được điều động từ các nơi trong cả nước đang khẩn trương xây dựng một tòa thành rộng lớn bằng gạch... Riêng việc xây bờ thành đã tốn kém những khoản tiền khổng lồ và làm thiệt hàng ngàn nhân mạng vì phải khổ dịch liên tục... Nhà vua [Gia Long] đã vung ra những món tiền lớn và hy sinh tính mạng của hàng ngàn dân chúng vì họ phải làm việc không nghỉ tay trên các tường lũy của kinh thành. Đây quả là một công trình kỳ diệu. Mười vạn người được thường xuyên huy động”.[4]

Chỉ mấy năm sau khi Gia Long lên ngôi, nhà truyền giáo Bissachere viết: “thế tử [Ánh] bị dân chúng căm ghét, đặc biệt kể từ khi ông ta lên ngôi và xưng Hoàng Đế, vì ông ta đã bắt dân lao dịch cực khổ để xây hào lũy và các thành phố…”. Ông kết luận bằng cách tóm lược lại tình hình[352]:

“Dân Bắc kỳ từng khẩn cầu vị quốc vương hiện thời (Nguyễn Ánh) giúp họ triệt phá nhà Tây Sơn, nhưng sau khi ông ta cai trị họ chưa đầy sáu năm, họ đã nguyền rủa ông ta mỗi ngày vì ông bắt họ lao động nặng nhọc còn gấp đôi thời Tây Sơn; lòng họ muốn nổi loạn, nhưng họ không có đủ sức (để làm như vậy) và thiếu người lãnh đạo đủ khả năng xúi họ bạo loạn.”

Đối với người dân tộc thiểu số, vua Gia Long đã ban hành các loại thuế đánh vào lâm thổ sản ở vùng người dân tộc, làm cho "dân Man quanh năm nộp thuế không lúc nào rỗi".[326] Hậu quả là "dân phải nhặt củ rau và quả ở núi để ăn cho no bụng".[327] Các vua đầu thời Nguyễn còn cưỡng bách văn hóa một số dân tộc khi cho rằng: Bọn man mọi ngu dại chưa thấm nhuần phong hóa, cần buộc họ cắt tóc, ăn mặc và sinh hoạt giống như người miền xuôi.[353]

Sự tham nhũng của quan lại cũng là một nguyên nhân, như Chaigneau người Pháp đã ghi lại năm 1807: “Dân chúng hết sức khốn khổ, vua và quan lại làm khổ dân một cách kỳ lạ; công lý này tùy thuộc tiền bạc, kẻ giàu có thể đánh đập người nghèo mà không sợ bị trừng phạt gì, vì họ tin chắc nhờ tiền bạc họ sẽ thắng kiện".[354]

Để đối phó, Gia Long đã ra sức đánh dẹp, thi hành nhiều chính sách vỗ an và cử nhiều tướng tài như Lê Chất, Lê Văn Duyệt lưu đóng ở khu vực Bắc thành nhiều năm nhưng vẫn không sao hết được.[351] Ở các khu vực miền Trung, các phong trào nổi dậy chủ yếu chỉ mang tính lẻ tẻ,[355] tuy cũng có phong trào lớn như là cuộc nổi dậy của người Thượng ở Đá Vách kéo dài qua tận các đời vua sau.[356]